Высшим органом управления является Совет Центра, который избран открытым голосованием на собрании коллектива.
Совет Центра в настоящее время представлен 6 представителями трудового коллектива Центра (директор Центра, 3 заместителя директора (Джалилов Д.С., Иноятов А.Ш. и Кулдашев Г.С.), руководитель гранта (Мавлянова Ш.З.), заведующая лабораторией (Извекова О.В.)),
Министерство здравоохранения представляет начальник Главного управления науки и образования Исмаилов У.С. Работа Совета Центра осуществляется в соответствии с Положением о Совете Центра, утверждённым Министром Здравоохранения РУз. В среднем ежегодно проводится от 6 до 10 заседаний Совета Центра, на которых рассматриваются преимущественно вопросы организации работы Центра. Другим направлением работы Совета Центра является анализ финансово-хозяйственной деятельности, организационно-практической и лечебной работы, который проводится по итогам года, что позволяет определять направления, которые требуют повышенного внимания.
Кроме того, в соответствии с Планом работы Центра ежегодно проводятся расширенные заседания Совета Центра с привлечением научных и клинических специалистов учреждения, для принятия конъюнктурных (финансовая, лечебная и хозяйственная деятельность) отчётов руководителей областных кожно-венерологических учреждений с критическим анализом деятельности. По итогам проводимых заседаний оформляются решения для исправления выявленных недостатков и предложения по усовершенствованию деятельности областных КВД
